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ConPlex: a server for the evolutionary conservation analysis of protein complex structures

机译：ConPlex：用于蛋白质复杂结构的进化保守性分析的服务器

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Evolutionary conservation analyses are important for the identification of protein–protein interactions. For protein complex structures, sequence conservation has been applied to determine protein oligomerization states, to characterize native interfaces from non-specific crystal contacts, and to discriminate near-native structures from docking artifacts. However, a user-friendly web-based service for evolutionary conservation analysis of protein complexes has not been available. Therefore, we developed ConPlex (http://sbi.postech.ac.kr/ConPlex/) a web application that enables evolutionary conservation analyses of protein interactions within protein quaternary structures. Users provide protein complex structures; ConPlex automatically identifies protein interfaces and carries out evolutionary conservation analyses for the interface regions. Moreover, ConPlex allows the results of the residue-specific conservation analysis to be displayed on the protein complex structure and provides several options to customize the display output to fit each user’s needs. We believe that ConPlex offers a convenient platform to analyze protein complex structures based on evolutionary conservation of protein–protein interface residues.
机译：进化保守性分析对于鉴定蛋白质间相互作用至关重要。对于蛋白质复杂结构，序列保守已应用于确定蛋白质低聚状态，表征非特异性晶体接触的天然界面以及区分对接伪影的近天然结构。但是，尚不提供用于蛋白质复合物进化保守性分析的用户友好的基于Web的服务。因此，我们开发了Web应用程序ConPlex（http://sbi.postech.ac.kr/ConPlex/），该应用程序可以对蛋白质四级结构内的蛋白质相互作用进行进化保守性分析。用户提供蛋白质复合物结构； ConPlex自动识别蛋白质界面，并对界面区域进行进化保守性分析。此外，ConPlex允许将残基特异性保守性分析的结果显示在蛋白质复合物结构上，并提供多种选项来定制显示输出以适合每个用户的需求。我们相信ConPlex提供了一个方便的平台，可以基于蛋白质-蛋白质界面残基的进化保守性来分析蛋白质复杂结构。

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